Rapid verification of wheat Hordeum introgressions by direct staining of SCAR, STS, and SSR amplicons

Abstract

[EN] A range of single tagged site (STS), simple sequence repeat (SSR), and sequence-characterized amplified region (SCAR) markers were screened for their utility in detecting Hordeum vulgare and H. chilense chromosomes in a wheat background. PCR conditions were optimized for specific amplification of the targeted sequences and to avoid cross-species amplification. Two H. vulgare derived STSs, six H. vulgare derived SSRs, and nine H. chilense derived SCARs were usable for the detection of five H. vulgare and three H. chilense chromosomes by direct ethidium bromide staining of the PCR products in test tubes, avoiding the more costly and time-consuming DNA electrophoresis step. The practical application of the method is illustrated by the identification of a monotelosomic substitution of H. vulgare chromosome 6HS in tritordeum and a monosomic addition of H. chilense chromosome 6Hch in durum wheat.Key words: GISH, Hordeum chilense, Hordeum vulgare, marker-assisted selection, SSR, Tritordeum.

[FR] Un ensemble de marquers de type STS (« single-tagged-site »), microsatellite (SSR) et SCAR (« sequence-characterized amplified region ») ont été examinés quant à leur utilité potentielle pour la détection de chromosomes duHordeum vulgareet duH. chilensedans un fond génétique du blé. Les conditions PCR ont été optimisées pourl’amplification spécifique des séquences ciblées et pour éviter l’amplification croisée entre espèces. Deux marqueursSTS dérivés duH. vulgare, six microsatellites dérivés duH. vulgareet neuf SCAR dérivés duH. chilensepermettaientde détecter cinq chromosomes duH. vulgareet trois chromosomes duH. chilensepar simple détection des ampliconsau bromure d’éthidium dans des tubes réactionnels, évitant ainsi l’étape plus longue et coûteuse de l’électrophorèse.L’intérêt pratique de cette méthode est illustré via l’identification d’une substitution monotélosomique du chromosome6HS duH. vulgarechez une lignée issue d’un croisement blé-orge (tritordeum) ainsi que par l’identification d’une ad-dition monosomique du chromosome 6HchduH. chilensechez le blé durum.