Análisis de splicing, basado en minigenes, de 25 variantes del gen atm: clasificación tentativa en base a indicadores biológicos

Abstract

El cáncer de mama hereditario es una enfermedad genética muy heterogénea en la que se conocen 8 genes principales de predisposición, entre los que se encuentra el gen ATM. Se ha demostrado que defectos en el proceso de splicing son un mecanismo de inactivación génica común. El objetivo del trabajo es analizar el impacto sobre el splicing de variantes localizadas en los exones 19-22 y 41-44 de ATM, detectadas en el proyecto europeo BRIDGES, contribuyendo a la aclaración del espectro de predisposición genética a cáncer de mama hereditario. Se construyeron dos minigenes reporteros, en el vector de splicing pSAD, con los exones 19-22 (MG_ATM_19-22) y los exones 41-44 (MG_ATM_41-44) de ATM. Cincuenta y siete variantes de las fronteras intrón-exón fueron identificadas por el proyecto BRIDGES. De estas, 25 fueron seleccionadas bioinformáticamente con MaxEntScan como variantes candidatas a afectar al splicing (espliceogénicas). Estas variantes fueron introducidas en los minigenes wild type (WT) mediante mutagénesis dirigida y ensayadas en células MCF-7. Los análisis funcionales de ambos minigenes WT mostraron transcritos del tamaño y secuencia esperado (MG full-length, FLMG). Además, ambos minigenes WT replicaban los patrones de splicing fisiológico. De las 25 variantes ensayadas, 20 (80%) fueron espliceogénicas, 11 de las cuales no producían restos de FLMG. Treinta y cuatro transcritos diferentes fueron detectados, siendo los transcritos truncantes de proteína los más frecuentes. Finalmente, se realizó una clasificación clínica de las variantes en base a indicadores biológicos, clasificando 17 como posiblemente patogénicas, 1 como probablemente benigna y 7 con significado clínico incierto. Los ensayos funcionales con minigenes son una estrategia útil para identificar variantes espliceogénicas de cualquier gen vinculado a una enfermedad. La identificación de dichas variantes y su clasificación son una herramienta valiosa en las consultas de diagnóstico genético, pudiendo ayudar a la prevención y diagnóstico precoz de la enfermedad.