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Título

Secuenciación por RNA-seq y análisis del transcriptoma de células de neuroblastoma humano SH-SY5Y tratadas con ácido retinoico

Autor Sáez García, Zara
DirectorBarettino Fraile, Domingo; Sanz Bigorra, Pascual
Palabras clave Ácido retinoico
miR-10a
miR-10b
Neuroblastoma
Diferenciación neuronal
Fecha de publicación 28-mar-2014
EditorUniversidad Politécnica de Valencia
Resumen[EN]Neuroblastoma is the most common extracranial solid tumor in infants, which originates from primordial neural crest cells that migrate in the embryo to form sympathetic ganglions and adrenal medulla. Differentiating agents are able to induce neuronal differentiation, like retinoic acid (RA), which is used as a treatment for this tumoral type. Studies in our lab have revealed that RA treatment in human neuroblastoma cells SH-SY5Y induce cellular differentiation through two microRNAs, miR-10a and miR-10b, also neuronal differentiation markers have detected by TaqMan MicroRNA arrays. Given that this method is restricted to the analysis of probes in the array, in the present study we have performed RNA sequencing of SH-SY5Y cells treated with RA during 0, 24 and 48 hours using RNA-Seq using SOLiD technology, with the aim of extracting a greater amount of information that could be used to detect new RA targets and actions. Previously to sequencing, we quantified the induction of miR-10a and miR-10b through RT-PCR, as a cellular differentiation marker. After sequencing, we have performed a bioinformatic analysis of the reads obtained for each condition. This analysis has allowed for the generation of a list of genes which are under or overexpressed in each of the conditions analyzed. Finally, we classified the identified genes by their Gene Ontology terms in order to determine the signaling pathways involved in RA-mediated differentiation of SH-SY5Y cells.
[ES]El neuroblastoma es el tumor sólido extracraneal más común en la infancia, que se origina a partir de las células de la cresta neural que emigran en el embrión para formar los ganglios simpáticos y la médula adrenal. Existen agentes diferenciadores inductores la diferenciación neuronal, como el ácido retinoico (RA), que se utiliza como tratamiento en este tipo de tumoral. Estudios realizados en nuestro laboratorio han revelado que el tratamiento de células de neuroblastoma humano SH-SY5Y con RA induce la diferenciación celular mediante dos microRNAs, miR-10a y miR-10b; a la vez que se detectaron marcadores de diferenciación neuronal mediante TaqMan MicroRNA arrays. Dado que este método permite un análisis restringido a las sondas presentes en el mismo, en el presente trabajo se ha procedido a la secuenciación de RNA, procedente de células SH-SY5Y tratadas con RA durante 0, 24 Y 48 horas, mediante RNA-Seq utilizando la tecnología SOLiD con el fin de extraer un mayor volumen de información para conocer nuevas dianas y acciones del RA. Previamente a la secuenciación, se ha realizado una cuantificación de la inducción de miR-10a y miR-10b mediante RT-PCR, que serán un indicador de la diferenciación celular. Tras la secuenciación, se ha realizado un análisis bioinformático de las lecturas obtenidas en el cuál se han obtenido valores de expresión génica en cada condición, lo que ha permitido generar listas de genes sobre e infraexpresados en cada una de las condiciones, que posteriormente se clasificarán en términos Gene Ontology para conocer en qué rutas biológicas están implicados.
Descripción 88 páginas, 25 figuras, 11 tablas
URI http://hdl.handle.net/10261/93271
Aparece en las colecciones: (IBV) Tesis
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