El Centro de Ciencias Medioambientales ha sufrido numerosos cambios, tanto en sus líneas de investigación como en su plantilla investigadora y administrativa durante sus 60 años de historia. Estos cambios, combinados con los que han tenido lugar en los Planes Nacionales de investigación y en los Planes Estratégicos del CSIC, han dado lugar a una serie de reestructuraciones para adecuar el Centro a esta realidad cambiante.
Desde el día 25 de enero de 2011 el Centro de Ciencias Medioambientales, que estaba formado por dos institutos: el Instituto de Ciencias Agrarias (ICA) y el Instituto de Recursos Naturales (IRN), ha pasado a llamarse ahora Instituto de Ciencias Agrarias (ICA).
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