INFORME Proyecto COV20/00140 Una perspectiva genómica de la pandemia: lecciones en salud pública

Abstract

El consorcio de secuenciación SeqCOVID ha permitido, unido a secuencias depositadas por otras instituciones, colocar a España como el segundo país europeo y cuarto del mundo en número de secuencias generadas del virus. La primera ola en España ha sido analizada a la luz de la información genómica de 2170 pacientes de todo el país. Los análisis identifican más de 500 introducciones en el país dentro del total de 2170 muestras analizadas. Por tanto, no existe un paciente 0. La mayor parte a partir de mediados de Febrero. La primera ola estuvo dominada por hasta nueve genotipos exitosos. En concreto, identificamos un genotipo que representa como media el 30% de nuestras secuencias y llega representar el 60% las primeras semanas de Marzo. Se caracteriza por una serie de eventos consecutivos que hemos podido reconstruir relativamente bien: Segunda quincena Febrero. Entradas múltiples por Valencia (partido de fútbol Atalanta-Valencia) y Madrid (ferias de arte y visita de casos valencianos). Probablemente por más sitios, pero no tenemos acceso a la información epidemiológica detallada. Finales de Febrero. Eventos de superdispersión como el de Vitoria. El de Vitoria se corresponde con el brote por un funeral. Llega a población general en País Vasco y La Rioja incluyendo residencia de ancianos. Esto aumenta la frecuencia del genotipo y evita su extinción. Principios de Marzo. Movilidad a toda España incluyendo las islas en menos de diez días desde las entradas conocidas. (Figura 1). En la primera semana de Marzo el genotipo representa el 60% de casos de todos los secuenciados. El confinamiento es altamente efectivo con la desaparición de muchos de estos genotipos exitosos.