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El Instituto de Investigaciones Pesqueras (CSIC) publicó el primer volumen de Investigación Pesquera en 1955 y la revista continuó apareciendo con este nombre hasta 1988, contribuyendo a mejorar y difundir conocimientos sobre biología, ecología, pesca, física, química y geología de los mares centrada, aunque no exclusivamente, en el Mar Mediterráneo y el Océano Atlántico.
El cambio de nombre a Scientia Marina sirvió para acomodar los contenidos a una visión más amplia de las ciencias marinas, incorporando la perspectiva de la oceanografía, la ecología, la genética, la dinámica costera, la gestión de ecosistemas, cambio global...
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