English   español  
Por favor, use este identificador para citar o enlazar a este item: http://hdl.handle.net/10261/123705
Compartir / Impacto:
Estadísticas
Add this article to your Mendeley library MendeleyBASE
Visualizar otros formatos: MARC | Dublin Core | RDF | ORE | MODS | METS | DIDL
Título

Caracterización filogenética de la comunidad microbiana de ambientes hipersalinos mediante análisis de clonación y secuenciación del 16S rDNA y pirosecuenciación 454

AutorCifuentes, Ana ; Rosselló-Mora, Ramón
Fecha de publicación10-may-2013
CitaciónXI Reunión de la Red Nacional de Microorganismos Extremófilos (2013)
ResumenEn este trabajo se ha estudiado la diversidad procariótica de las salinas de Boyeruca (Lo Valdivia, Chile) mediante el análisis de secuencias del gen del ARNr 16S. Para ello, se tomaron muestras de salmueras y de sedimentos en dos puntos diferentes. Se extrajeron los ADNs y se emplearon tanto para la generación de genotecas y posterior secuenciación Sanger como para pirosecuenciación 454 long read GS FLX Titanium (Roche). Esta nueva química logra que la media de las lecturas sea de aproximadamente 700 bp. Para cada una de las dos salinas estudiadas se generaron genotecas y pirosecuencias para los Dominios Archaea y Bacteria, tanto para sedimentos como salmueras. En total, tras eliminar las secuencias que no superaban los controles de calidad, se obtuvieron 278 secuencias de clones y alrededor de 800.000 pirosecuencias. Como cabría esperar, la diversidad encontrada con pirosecuenciación es mucho más alta que la que se puede observar con secuenciación tradicional. La pirosecuenciación nos ha permitido detecta numerosos grupos minoritarios que de otra manera permanecerían indetectables. En sedimentos se han recuperado secuencias de 16 filos diferentes del dominio Bacteria, aunque cerca del 50% de las secuencias no han podido ser todavía clasificadas, mientras que por secuenciación tradicional tan sólo obtenemos secuencias de 5 filos distintos. Para las muestras de salmuera, con la pirosecuenciación obtenemos secuencias de 12 filos diferentes (por 5 de la secuenciación Sanger), habiendo menos de un 8% de secuencias no clasificables. La diversidad encontrada en Archaea es mucho menor que para Bacteria, siendo en sedimentos más alta que en salmueras. La mayor parte de las secuencias se clasifican como Halobacterias, pero también se detectan otros grupos como Methanomicrobia, Archeoglobi y Thermoprotei, aunque un gran número de secuencias no han podido ser clasificadas correctamente. En salmueras, prácticamente todas las secuencias pertenecen a la familia Halobacteriaceae, excepto un pequeño número que estamos en proceso de clasificar
DescripciónComunicación presentada en la XI Reunión de la Red Nacional de Microorganismos Extremófilos, celebrada del 8 al 10 de mayo de 2013 en Busquistar, Granada (España)
URIhttp://hdl.handle.net/10261/123705
Aparece en las colecciones: (IMEDEA) Comunicaciones congresos
Ficheros en este ítem:
Fichero Descripción Tamaño Formato  
accesoRestringido.pdf15,38 kBAdobe PDFVista previa
Visualizar/Abrir
Mostrar el registro completo
 


NOTA: Los ítems de Digital.CSIC están protegidos por copyright, con todos los derechos reservados, a menos que se indique lo contrario.