English   español  
Por favor, use este identificador para citar o enlazar a este item: http://hdl.handle.net/10261/104066
Compartir / Impacto:
Estadísticas
Add this article to your Mendeley library MendeleyBASE
Ver citas en Google académico
Visualizar otros formatos: MARC | Dublin Core | RDF | ORE | MODS | METS | DIDL
Exportar otros formatos: Exportar EndNote (RIS)Exportar bibText (RIS)Exportar csv (RIS)
Título

Effects of different allochthonous carbon sources on marine bacterioplankton diversity and function

Autor Lekunberri, Itziar
DirectorGasol, Josep M.
Fecha de publicación 2008
EditorUniversidad Politécnica de Cataluña
Resumen[EN] Bacteria are the most abundant organisms on Earth and mediate many critical ecosystem processes. This indicates the great importance of the knowledge of the identity and population dynamics of the indigenous microorganisms. Initial studies in aquatic microbiology were carried out by traditional cultivation techniques. Later on, cell counts by epifluorescence techniques demonstrated how abundant bacteria were, and molecular techniques were developed and used to detect the most representatives bacteria in the environment. This is mainly because the culture media have nutrient contents (both organic and inorganic) which are several times more concentrated than those in the natural environment. This makes retrieving dominant organisms from an oligotrophic environment not an easy task, and generates selectivity for particular bacterial types, which are not very representative. A similar selection of bacteria also occurs in the natural environment, at another scale, when different allochthonous inputs take place. These can be due to natural processes, such as river run-offs, aerosol deposition, etc., or may have an anthropogenic origin, such as oil spills. In this thesis we evaluate the effect of several of these additions on bacterial community structure and function. There is an increasing interest in the isolation of naturally dominating organisms since it provides a better information about the metabolic capabilities of the organisms that are growing in the environment. Thus, we decided to evaluate how representative were the isolates obtained in the Mediterrranean Sea as compared to the sequences retrieved by molecular techniques such as cloning and DGGE fingerprinting. Our analysis highlighted the selectivity created by the growth media, but simultaneously allowed to increase our knowledge about the diversity in our study area, and provided a means for looking into the “rare microbial biosphere”, which cannot be analyzed with other techniques. [...]
[CA] Els bacteris són els organismes més abundants a la Terra i els encarregats de pariticipar multitud de processos que són crítics per a l´entorn. Això fa que sigui de gran importància el coneixement de la identitat i dinàmica de les poblacions de microorganismes indígenes. Els primers estudis en microbiologia es van realitzar mitjançant tècniques de cultiu tradicional. Més endavant, tècniques de comptatge per epifluorescència van mostrar com n’eren d’abundants els bacteris, i es van emprar també tècniques moleculars per a detectar els bacteris més representatius del medi. Però les concentracions de bacteris en els medis de cultiu (tant orgànics com inorgànics) són diverses vegades superiors a les que es troben en el medi natural. En conseqüència, l’obtenció dels cultius dels organismes dominants en un medi oligotròfic no és una tasca fàcil i acaba seleccionant bacteris que no són gaire representatius. Una selecció similar de bacteris també es dóna en el medi natural, a diferent escala, quan hi ha aports de diferents compostos al·lòctons. Aquests es poden deure a processos naturals com ara la descàrregues de rius, deposicions mitjançant aerosols, etc., o bé poden ser d’origen antropogènic, com els vessaments de petroli. En aquesta tesi avaluem l’efecte de diverses d’aquestes addicions en la diversitat, l´estructura de les comunitats i la funció bacterianes. Hi ha un interès creixent en l’aïllament d’organismes dominants en el medi, ja que això permet tenir més informació sobre les capacitats metabòliques dels organismes que hi estan creixent. Per tant, vam decidir mesurar fins a quin punt són representatius els aïllats obtinguts en el mar Mediterrani comparant-los amb les seqüències obtingudes a través de tècniques moleculars com ara les biblioteques de clons i tècniques coma ara la DGGE fingerprinting. La nostra anàlisi destaca la selectivitat creada pel medi marí, però alhora permet tenir un coneixement més ampli sobre la diversitat en la nostra àrea d’estudi, i proporciona mitjans per a explorar la “biosfera microbiana rara”, que no pot ésser analitzada mitjançant altres tècniques. [...]
[ES] Las bacterias son los organismos más abundantes de la Tierra y los encargados de mediar en multitud de procesos críticos para el medio ambiente. Esto hace que sea de gran importancia el conocimiento de la identidad y dinámica de poblaciones de los microorganismos indígenas. Los primeros estudios en microbiología se realizaron mediante técnicas de cultivo tradicionales. Más tarde, técnicas de contaje por epifluorescencia mostraron lo abundantes que eran las bacterias, y técnicas moleculares se usaron también para detectar las bacterias más representativas del medio. Pero la concentración de nutrientes en los medios de cultivo (tanto orgánicos como inorgánicos), son varias veces superiores a los que se encuentran en el medio natural. En consecuencia, la obtención de los organismos dominantes en un medio oligotrófico no es una tarea fácil y acaba seleccionando organismos bacterianos, que no son muy representativos. Una selección similar de bacterias ocurre también en el medio natural, a diferente escala, cuando hay aportes de diferentes compuestos alóctonos. Esto puede ser debido a procesos naturales tales como descargas de ríos, deposiciones de aerosoles, etc., o bien pueden ser de origen antropogénico, como los derrames de petróleo. En esta tesis evaluamos el efecto de varias de estas adiciones en la diversidad y función bacterianas. Hay un creciente interés en el aislamiento de organismos dominantes en el medio, ya que esto permite tener mayor información sobre las capacidades metabólicas de los organismos que están creciendo. Por tanto, decidimos evaluar hasta qué punto son representativos los aislados obtenidos en el mar Mediterráneo comparándolos con las secuencias obtenidas mediante técnicas moleculares como bibliotecas de clones y DGGE fingerprinting. Nuestro análisis destaca la selectividad creada por el medio de cultivo, pero a la vez permite ampliar el conocimiento sobre la diversidad en nuestra área de estudio, y proporciona medios para explorar la “biosfera microbiana rara”, que no puede ser analizada mediante otras técnicas. [...]
[EU] Bakterioak Lurreko izakiriki oparoenak dirak eta ingurumeneko prozesu kritiko askotan bitartekari. Guzti honek izaugarrizko garrantzia ematen dio lekuko mikroorganismoen nortasuna eta taldeko dinamikaren berri izateari. Lehen mikrobiologiako ikerketak ohiko kultibo tekniken bidez egin ziren. Ondoren, epifluoreszentzia bidez egindako zenbatze teknikek bakterioen ugaritasuna azaldu zuten, eta teknika molekularrak bakterio adierazgarrienak aurkitzeko erabili izan ziren. Baino elikagai bilketa kultibo baliabideetan (nahiz organiko nahiz inorganikoak) hainbat aldiz haundiagoa da ingurune naturalean aurkitu daitekeena baino. Ondorioz, organismo gainartzaileen lorpena ingurune oligotrofikoetan ez da lan erreza eta adierazgarriak ez diren bakterioak aukeratzen bukatzen da. Antzeko aukeraketa bat gertazten da ingurune naturalean, maila ezberdin batean, bertakoak ez diren konposatuen ekarpenak daudenean. Hau prozesu naturalen ondorio izan daiteke hala nola erreken isuria, aerosolen uzteen bidez, e.a. edo gizakiaren jardueraren ondorioz, petrolio isuriak bezela. Tesi honetan hauetako gehitze batzuk bakterioen dibertsitate eta funtzioetan duten eragina aztertzen dugu. Geroz eta jakin min handiagoa dago bere ingurunean organismo gainartzaileen isolamenduan, honek hazten ari diren organismoen ahalmen metabolikoari buruzko informazioa edukitzen lagunduko baitu. Beraz, aztertzea erabaki duguna zera da, Mediterraneo itsasoan isolatutakoen adierazgarritasuna, klonen liburutegi eta DGGE fingerprinting teknika molekularren bidez lortutako sekuentziekin alderatuz. Gure analisiak kultibo baliabideen bidez sortutako hautaketa nabarmentzen du, baina era berean gure azterketa eremuko dibertsitateari buruzko ezaguera haunditzea laguntzen digu eta beste tekniken bidez aztertu ezin daitekeen “mikrobiar biosfera arraroa” aztertzeko baliabideak ahalbideratzen dizkigu. [...]
Descripción Memòria de tesi doctoral presentada per Itziar Lekunberri García per optar al grau de Doctora en Ciències del Mar per la Universitat Politècnica de Catalunya (UPC), realitzada sota la direcció del Dr. Josep M. Gasol Piqué de l'Institut de Ciències del Mar (ICM-CSIC).-- 222 pages
URI http://hdl.handle.net/10261/104066
Aparece en las colecciones: (ICM) Tesis
Ficheros en este ítem:
Fichero Descripción Tamaño Formato  
Lekunberri_tesis_2008.pdf9,59 MBAdobe PDFVista previa
Visualizar/Abrir
Mostrar el registro completo
 


NOTA: Los ítems de Digital.CSIC están protegidos por copyright, con todos los derechos reservados, a menos que se indique lo contrario.