DSpace Collection:
http://hdl.handle.net/10261/179386
2024-03-28T18:21:57ZSupplementary Data of the article Arabidopsis metacaspase MC1 localizes in stress granules, clears protein aggregates, and delays senescence
http://hdl.handle.net/10261/340796
Título: Supplementary Data of the article Arabidopsis metacaspase MC1 localizes in stress granules, clears protein aggregates, and delays senescence
Autor: Ruiz-Solaní, Nerea; Salguero-Linares, José Manuel; Armengot, Laia; Santos, Jaime; Pallarès, Irantzu; Midden, Katarina P. van; Phukkan, Ujjal J.; Koyuncu, Seda; Borràs-Bisa, Júlia; Li, Liang; Popa, Crina; Eisele, Frederik; Eisele-Bürger, Anna Maria; Hill, S. M.; Gutierrez-Beltran, Emilio; Nyström, Thomas; Valls, Marc; Llamas, Ernesto; Vilchez, David; Klemenčič, Marina; Ventura, Salvador; Coll, Núria S.
Descripción: Figures S1-S11. -- Supplemental Data Set 1: Arabidopsis lines used in this study. -- Supplemental Data Set 2: List of plasmids used in this study. -- Supplemental Data Set 3: List of primers and synthetic sequences used in this study for genotyping and cloning. -- Supplemental Data Set 4. Yeast strains used in this study. -- Supplemental Data Set 5. Other materials used in this study. -- Supplemental Data Set 6. Statistical analysis.2023-12-18T07:12:50ZRegulación por cianuro del desarrollo del pelo radical y la respuesta a patógenos en Arabidopsis thaliana
http://hdl.handle.net/10261/180311
Título: Regulación por cianuro del desarrollo del pelo radical y la respuesta a patógenos en Arabidopsis thaliana
Autor: Arenas-Alfonseca, Lucía
Resumen: El cianuro es una molécula tóxica que se produce estequiométicamente en la ruta de biosíntesis del etileno. En Arabidopsis thaliana, el cianuro es destoxificado mayoritariamente por la enzima mitocondrial β-cianoalanina sintasa (CAS-C1). El análisis molecular y fenotípico de los mutantes insercionales de T-DNA de CAS-C1 realizado previamente por nuestro grupo de investigación proponía un papel señalizador del cianuro en los procesos de desarrollo del pelo radical y la respuesta a la infección por patógenos. Se observó una acumulación apical de la proteína de fusión CASC1-GFP mediante microscopía confocal en las mitocondrias de la punta del pelo radical que no se observó en los mutantes de pelo radical cas-c1, scn1-1 ni rhd2. Tanto el análisis transcripcional de los mutantes simples cas-c1, scn1-1 y rhd2 como el fenotípico de los dobles mutantes scn1-1 cas-c1 y rhd2 cas-c1, así como su crecimiento en medios con el antídoto del cianuro hidroxocobalamina demostraron que la mutación cas-c1 es hipostática a scn1-1 y epistática sobre rhd2. Por tanto, el cianuro regula el proceso de formación del pelo radical en etapas muy tempranas del desarrollo. Además, las tinciones específicas de especies reactivos de oxígeno (ROS) y las actividades enzimáticas NADPH oxidasa y glutatión peroxidasa realizadas demostraron que el efecto del cianuro en los pelos radicales es independiente de la acumulación de ROS y de la inhibición de las NADPH oxidasas de raíz. Por otro lado, los análisis transcripcionales de los mutantes simples atrbohD3, NahG y ein2-1 sugirieron una participación del cianuro en la ruta de respuesta a patógenos biótrofos, que se confirmó en los ensayos de infección de los mutantes dobles atrbohD3 cas-c1 y NahG cas-c1 con la bacteria biótrofa Pseudomonas syringae, en los que el cianuro presentó una mayor resistencia a la infección. La observación al microscopio confocal de la proteína de fusión NPR1-GFP y la inmunodetección de NPR1 mostraba una menor cantidad de proteína NPR1 monomérica y, por tanto, funcional, en el mutante cas-c1. Así pues, el cianuro regula positivamente la respuesta a patógenos biótrofos mimetizando la función de la NADPH oxidasa ATRBOHD y esta regulación es dependiente de la acumulación de SA e independiente de la función de la proteína NPR1. Finalmente, se ha identificado un nuevo mecanismo de acción del cianuro a través del cual podría regular la formación del pelo radical y la respuesta a patógenos biótrofos: la modificación post-traduccional S-cianilación.
Descripción: Material suplementario Tesis Doctoral Lucía Arenas Alfonseca2019-04-22T10:20:54ZElements of the heterocyst-specific transcriptome unraveled by co-expression analysis in Nostoc sp. PCC 7120 [Dataset]
http://hdl.handle.net/10261/179430
Título: Elements of the heterocyst-specific transcriptome unraveled by co-expression analysis in Nostoc sp. PCC 7120 [Dataset]
Autor: Brenes-Álvarez, Manuel; Mitschke, Jan; Olmedo-Verd, E.; Georg, Jens; Hess, Wolfgang R.; Vioque, Agustín; Muro-Pastor, Alicia M.
Descripción: Supplementary data file 1 “genomeplot_WT_hetR_-N_chromosome.pdf”. Overview (chromosome) combining log2-normalized expression values (left y axis) from the microarray analysis of cultures of wild type and hetR strain subjected to nitrogen deprivation for 0-6-12-24 hours as indicated by coloured lines, with the reads numbers from the RNA-Seq dataset in (Mitschke, J., Vioque, A., Haas, F., Hess, W.R., and Muro-Pastor, A.M. (2011). Dynamics of transcriptional start site selection during nitrogen stress-induced cell differentiation in Anabaena sp. PCC7120. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 108, 20130-20135) (right y axis).
Supplementary data file 2 “genomeplot_WT_hetR_-N_plasmids.pdf”. Overview (six plasmids combined) combining log2-normalized expression values (left y axis) from the microarray analysis of cultures of wild type and hetR strain subjected to nitrogen deprivation for 0-6-12-24 hours as indicated by coloured lines, with the reads numbers from the RNA-Seq dataset in (Mitschke, J., Vioque, A., Haas, F., Hess, W.R., and Muro-Pastor, A.M. (2011). Dynamics of transcriptional start site selection during nitrogen stress-induced cell differentiation in Anabaena sp. PCC7120. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 108, 20130-20135) (right y axis).
Supplementary data file 3 “genomeplot_WT_+N_-N_chromosome.pdf”. Overview (chromosome) combining log2-normalized expression values (left y axis) from the microarray analysis of cultures of wild type at 0 and 8 h after nitrogen depletion and at 0 and 8 h after NH4 addition as indicated by coloured lines, with the reads numbers from the RNA-Seq dataset in (Mitschke, J., Vioque, A., Haas, F., Hess, W.R., and Muro-Pastor, A.M. (2011). Dynamics of transcriptional start site selection during nitrogen stress-induced cell differentiation in Anabaena sp. PCC7120. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 108, 20130-20135) (right y axis).
Supplementary data file 4 “genomeplot_WT_+N_-N_plasmids.pdf”. Overview (six plasmids combined) combining log2-normalized expression values (left y axis) from the microarray analysis of cultures of wild type at 0 and 8 h after nitrogen depletion and at 0 and 8 h after NH4 addition as indicated by coloured lines, with the reads numbers from the RNA-Seq dataset in (Mitschke, J., Vioque, A., Haas, F., Hess, W.R., and Muro-Pastor, A.M. (2011). Dynamics of transcriptional start site selection during nitrogen stress-induced cell differentiation in Anabaena sp. PCC7120. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 108, 20130-20135) (right y axis).
Supplementary data file 5 “Co-expression network”. Cytoscape (www.cytoscape.org) file corresponding to the co-expression network constructed.2019-04-05T10:47:38Z