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http://hdl.handle.net/10261/27757
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Título: | Towards an automated analysis of video-microscopy images of fungal morphogenesis |
Autor: | Dieguez-Uribeondo, Javier CSIC ORCID ; Hernández Crespo, Juan Carlos CSIC; Cortés, Raquel; López, Fernando; Pech, José L. | Palabras clave: | Automated analysis Fungal growth Hypha Hyphoid model Image analysis Morphogenesis Saprolegnia Videomicroscopy Análisis automatizado Análisis de imágenes Crecimiento de hongos Hifa Modelo hifoide Morfogénesis Video-microscopía |
Fecha de publicación: | 30-jun-2005 | Editor: | Consejo Superior de Investigaciones Científicas (España) | Citación: | Anales del Jardín Botánico de Madrid 62(1): 101-107 (2005) | Resumen: | [EN] Fungal morphogenesis is an exciting field of cell biology and several mathematical models have been developed to describe it. These models require experimental evidences to be corroborated and, therefore, there is a continuous search for new microscopy and image analysis techniques. In this work, we have used a Canny-edge-detector based technique to automate the generation of hyphal profiles and calculation of morphogenetic parameters such as diameter, elongation rates and hyphoid fitness. The results show that the data obtained with this technique are similar to published data generated with manualbased tracing techniques and that have been carried out on the same species or genus. Thus, we show that application of edge detector-based technique to hyphal growth represents an efficient and accurate method to study hyphal morphogenesis. This represents the first step towards an automated analysis of videomicroscopy images of fungal morphogenesis. [ES] La morfogénesis de los hongos es un área de estudio de gran relevancia en la biología celular y en la que se han desarrollado varios modelos matemáticos. Los modelos matemáticos de procesos biológicos precisan de pruebas experimentales que apoyen y corroboren las predicciones teóricas y, por este motivo, existe una búsqueda continua de nuevas técnicas de microscopía y análisis de imágenes para su aplicación en el estudio del crecimiento celular. En este trabajo hemos utilizado una técnica basada en un detector de contornos llamado “Canny-edge-detector” con el objetivo de automatizar la generación de perfiles de hifas y el cálculo de parámetros morfogenéticos, tales como: el diámetro, la velocidad de elongación y el ajuste con el perfil hifoide, es decir, el perfil teórico de las hifas de los hongos. Los resultados obtenidos son similares a los datos publicados a partir de técnicas manuales de trazado de contornos, generados en la misma especie y género. De esta manera demostramos que la aplicación de esta técnica para el trazado de perfiles en hifas en crecimiento es un método eficaz y preciso para el estudio de la morfogénesis de hifas. Este trabajo representa el primer paso en la automatización de análisis de imágenes de video-microscopía de morfogénesis de hifas. |
Descripción: | 7 páginas, 6 figuras. | Versión del editor: | http://dx.doi.org/10.3989/ajbm.2005.v62.i1.33 | URI: | http://hdl.handle.net/10261/27757 | DOI: | 10.3989/ajbm.2005.v62.i1.33 | ISSN: | 0211-1322 | E-ISSN: | 1988-3196 |
Aparece en las colecciones: | (RJB) Artículos |
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