El instituto fue creado en 1985 por el profesor José María López Piñero, catedrático de Historia de la Medicina de la Universitat de València y su primer director, con el nombre de Instituto de Estudios Históricos y Documentales sobre la Ciencia. Contaba con la Biblioteca y Museo Histórico-médicos, y el Centro de Documentación e Información en Biomedicina -dirigido por la catedrática de Documentación María Luz Terrada Ferrandis. En 2008 el instituto fue reestructurado, concentrando la actividad investigadora en la historia de la medicina y de la ciencia, integrando la Biblioteca histórico-médica Vicente Peset Llorca y el nuevo Museo de Historia de la Medicina y de la Ciencia (actualmente en fase de organización), y adoptando la actual denominación. El objetivo de la remodelación fue dotar al centro de un nuevo proyecto e identidad científica. Esta reestructuración coincidió con el traslado del centro a la actual sede en el recientemente rehabilitado Palacio Cerveró, edificio histórico propiedad de la Universitat de València

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