Culturing bias in the study of marine heterotrophic flagellates diversity

Abstract

[EN] Our main goal in this study was to overcome the culture bias in marine heterotrophic flagellates. This main aim could be structured in three general aspects. The first was to determine the importance and representativity of cultured flagellates in environmental molecular studies. The second was the study of the culture bias from an experimental point of view. Finally, we aimed at obtaining new cultures of heterotrophic flagellates. To achieve this we defined more specific objectives: 1. Determine the clonal contribution of 18S rDNA sequences of chrysophytes, choanoflagellates and bicosoecids in marine and freshwater systems, improve the phylogeny of these groups and analyze their sequence novelty. 2. Determine the effect of PCR induced biases by comparing 18S rDNA sequences obtained from the Global Ocean Survey (GOS) metagenomic database (Rusch et al. 2007) and from standard clone libraries (Massana and Pedrós-Alió 2008). 3. Compare the protist diversity inferred from clone libraries both from extracted DNA and extracted RNA from the same sample, in order to delineate the biases introduced in environmental diversity studies generally based on DNA. 4. Report the effects of different organic matter enrichments to heterotrophic flagellates community structure and put together ideas and concepts related to the culturing bias that had been generally assumed or refused but never specifically addressed. 5. Develop a new culturing approach to isolate previously uncultured heterotrophic flagellates species that might be abundant in the marine plankton

[CAT] Dins dels protozous, és ben sabut que els flagel·lats heterotròfics juguen un paper clau en les xarxes tròfiques marines. Aquests organismes diminuts es distribueixen en ambients planctònics en concentracions entre 10 2 i 10 5 cèl·lules ml-1 , el que representa el 10-30% dels microorganismes eucariotes en aigües marines superficials. Són actors principals en els cicles biogeoquímics globals com a bacterívors, i remineralitzadors de nutrients i constitueixen un conjunt d'espècies diverses, tot sovint mal identificades. Els flagel·latsheterotròfics són principalment fagòtrofs depredadors i controlen l'abundància de procariotes i petits eucariotes, però també poden incloure les etapes de dispersió de paràsits d'altres organismes marins. Aquest paper central en els ecosistemes marins s'ha traduït en un gran interès en el manteniment d'aquests organismes en condicions controlades de laboratori, per tal d'estudiar les taxes de depredació, les taxes de creixement, les preferències de presa, la ultraestructura, la genòmica o la transcriptòmica. Els cultius han estat essencials per a dur a terme estudis fisiològics i filogenètics, però la rellevància ecològica de les soques cultivades no està gaire clara. Els flagel·lats heterotròfics que tenim en cultiu representen els que són dominants en el medi natural?